Punkaharjun luonnonsuojelun historia lasketaan alkaneeksi Venäjän keisari Aleksanteri I:n käynnistä Punkaharjulla kesäkuussa 1803. Alueen suojelu vakiintui 1840-luvulla, jolloin Punkaharjusta tehtiin kruununpuisto, ja sinne rakennettiin kaksi metsänvartijan taloa, joista pohjoinen talo on Hotelli Punkaharjun historiallisesti vanhin osa. Lain voiman luonnonsuojelualue sai tammikuussa 1991.
Punkaharju oli liitetty Venäjän keisarikuntaan Turun rauhassa 1743, ja valtakunnan raja kulki sen läheisyydessä Puruveden Enanselällä. Kesäkuussa 1803 Aleksanteri I tarkasti Viipurin kuvernementin sotilaallisesti tärkeät kohteet, ja Punkaharjulle hän saapui Savonlinnan suunnasta. Perimätiedon mukaan keisari seurueineen lounasti harjulla nykyisen Runebergin kummun vieressä sijaitsevassa notkelmassa. Tarkastettuaan harjualueen puolustuslaitteet ja pienen varuskunnan Aleksanteri jatkoi matkaansa Parikkalan kautta Sortavalaan.
Suojelupäätös
Punkaharjulla keisari määräsi, ettei alueella saanut enää hakata puustoa ja että kaskeaminen oli lopetettava. Kirjallista vahvistusta suojelupäätöksestä ei ole säilynyt, eikä keisarin motiiviakaan tunneta. Todennäköisin selitys liittyy kuitenkin liikenteellisiin syihin. Puuttoman harjun laella kulkeva maantie oli vaarallinen, ja kaiteettomana se saattoi olla vaunuilla kulkeville jopa hengenvaarallinen. Muutamat 1800-luvun ensimmäisellä puoliskolla Punkaharjulla liikkuneet matkailijat olivat todenneet saman asian: harjun laella sinne tänne kääntyilevällä tiellä oli oltava erittäin varovainen, ettei vahingossa suistunut vaunuineen alas jyrkänteeltä.
Sama motiivi paljastuu Rantasalmen kihlakunnan kruununvouti Zachris Castrénin senaatille tekemässä isojakovalituksesta vuodelta 1840. Liikenneturvallisuuden vuoksi Punkaharjun puustoa ei saanut hakata, ja valituksessaan Castrén muistutti myös Aleksanteri I:n tekemästä suullisesta suojelupäätöksestä. Hän ehdotti harjualueen lunastamista valtiolle ja sen suojelemista metsätuhojen estämiseksi. Eräiden aluejärjestelyjen jälkeen Punkaharjusta tuli kruununpuisto keisari Nikolai I:n julistuksella vuonna 1843.
Sianselkäharjanne
Punkaharjun venäjänkielinen nimi on Svinnyi hrebet eli Sianranka, ja se esiintyy useissa vanhoissa venäläisissä kartoissa ja matkakuvauksissa. Harjun korkeimpien kohtien ”sianselkämäisyydestä” ei nykyään enää saa selvää käsitystä, sillä sen laella kulkevaa kapeaa tietä on useampaan kertaan levennetty ja tasoitettu. Savonlinnan ja Parikkalan välinen maantie kulki Punkaharjun kautta vuoteen 1975 saakka, jolloin nykyinen Laukansaaren kautta kulkeva valtatie 14 otettiin käyttöön. Harjulla kulkenut raskas liikenne aiheutti erityisesti talvisin vaaratilanteita, eikä henkilövahingoiltakaan vältytty.
Luonnonsuojelualue
Laki Punkaharjun luonnonsuojelualueesta astui voimaan tammikuussa 1991. Suojelualueen pinta-ala on 679 hehtaaria, joista maa-alueita on 192 hehtaaria ja loput valtion vesialuetta. Lain ansiosta Punkaharju suojeltiin tehostuvaa rakentamista ja muita maankäytön uhkia vastaan. Samalla sen rooli luonnonsuojelualueena määriteltiin ensimmäisen kerran. Silloinen Metsäntutkimuslaitos laati luonnonsuojelualueelle hoito- ja käyttösuunnitelman, joka vahvistettiin ympäristöministeriössä vuonna 1994. Punkaharjun kansallismaiseman arvorakennukset, myös Hotelli Punkaharju, oli suojeltu vuonna 1985 annetulla asetuksella.
Hoitosuunnitelman tarkoituksena on Punkaharjun säilyttäminen tuleville sukupolville, mikä käytännössä tarkoittaa järvimaisemaan peilautuvaa pilarimännikköä. Huoli maiseman umpeutumisesta on saanut harjun nykyisen omistajan eli Metsähallituksen laatimaan uuden käyttö- ja hoitosuunnitelman, jonka olennaisena osana ovat aikaisempaa laajemmat maisemahakkuut. Keskeisimmillä maisemapaikoilla Hotelli Punkaharjun ja Runebergin kummun tuntumassa puustoa onkin viime vuosina poistettu näkymien avaamiseksi.